因为胶囊内镜是随着胃肠蠕动自然地由上往下移动，而且胃结肠腔有一定弯度,所以对胃、结肠的病变诊断是有限，因而胶囊内镜的使用主要限于小肠疾病。
胶囊内镜适用于:
不明原因消化道出血；
其它传统检查提示小肠影象学异常；
慢性腹痛疑似小肠器质性疾病所致；
慢性腹泻；
了解克罗恩病及乳糜泻的累及范围；
观察小肠手术吻合口情况；
监控小肠息肉病综合征的发展等。
胶囊内镜禁忌症:
胃肠道梗阻；
无手术条件者及拒绝接受任何外科手术者；
患者体内如有心脏起搏器或已植入其它电子医学仪器者。
胶囊内镜目前仍存在一些缺陷，如捕捉图像的随机性、无法控制胶囊在小肠中的运行、肠道积液对观察的影响、电池寿命的有限性以及无法对胶囊在小肠中的部位进行精确定位等。
